El saqueo de los tesoros de los faraones por parte del pueblo, debido a las épocas de hambruna producidas por el posible cambio climático que acabo con la fertilidad de las tierras del Nilo, la pérdida de poder real y religioso, junto con una época de guerras entre civilizaciones cercanas, hizo declinar el fastuoso poder del imperio egipcio en lo que se denominó imperio tardío sobre el año 650 adC.

La civilización griega asomaba su cabeza en la historia de la humanidad tomando el relevo al decadente imperio egipcio.

Dado que los dioses tenían características físicas muy humanas era normal que emplearan los actos carnales para reproducirse o para satisfacer su pasión, lo que, generalmente, hacían con mortales.  Según cuenta la mitología griega, Asclepio era hijo de Apolo y de la mortal Coronis. Su padre  confió la educación del pequeño al centauro  Quirón, quien lo instruyó en las artes de la medicina, donde Asclepio se mostró siempre muy habilidoso y dispuesto, llegando a dominar el arte de la resurrección. El culto a Asclepio tuvo una rápida extensión llegando incluso hasta Egipto, donde fue identificado con Imhotep.

Practicó la medicina con gran éxito, por lo que los griegos le erigieron santuarios de construcción soberbia en diversos puntos del país heleno, casi siempre levantados en pleno campo y en lugares muy saludables y, por lo general, con aguas minerales cercanas;  poseían piscinas, gimnasios y jardines. Incluían una área religiosa junto con otras salas dedicadas a la curación de los enfermos, donde llegaban habitantes de todas las regiones con la esperanza de encontrar la salud a los males que los aquejaban.

La admisión al santuario era precedida por un complicado ritual: se preparaba a los pacientes purificándolos a base de dietas rigurosas, toma de elixires preparados a base hierbas y aplicación de masajes. Cada día leían a la entrada del templo tablillas en las que se describían las curas de carácter médico recientemente realizadas, finalmente eran invitados al patio interior donde los iatromantes (profetas sanadores)  los preparaban para la incubación o sueño templario, que se realizaban sobre camillas hechas de pieles de animales sacrificados en honor a la deidad, invitaban a los enfermos a recitar mantras, repetir determinadas palabras o cantar, les hacían practicar el método de la incubación, que consistía en permanecer durante varias horas en un lugar cerrado, o en una caverna para tener la oportunidad de descender a su propio infierno, a sus profundidades. No había diferencia entre magia y misticismo, y el iatromante actuaba como portavoz de lo divino, para de alguna forma ser capaz de conectar con otro nivel de conciencia.

Los precursores de la medicina racional fueron los primeros filósofos griegos, los milesios, los pitagóricos, los tarentinos, quienes intentaron explicar el universo por medio de la razón pura. Sin el obstáculo de la magia, religión o tradición, estos heraldos de la ciencia natural fueron los primeros en conjeturar que los fenómenos naturales no eran milagros sino hechos comprensibles de acuerdo con sistemas de leyes inmutables “si no podemos  influir  para salvar nuestra flota contra los designios de los dioses cuando estos mandan una tormenta, construyamos unos barcos mas solidos” 

Fue Tales de Mileto (640 adC) con su paso del Mito al Logos  el primer teórico que dirigió sus pensamientos hacia el universo y con ello hacia la estructura de los materiales que lo componían . Y Empédocles (490 adC) al preguntarse  por qué un solo elemento, dedujo que podían ser 4, el fuego de Heráclito, el aire de Anaxímenes, el agua de Tales y la tierra, que añadió el propio Empédocles. Posteriormente en el 380 adC Aristóteles acepto la teoría de los cuatro elementos, aunque los concibió como el resultado de dos pares de propiedades opuestas, frío-calor y sequedad-humedad, las actuales complexiones de la Spagyria.

Durante los siglos VI y V a. C. tiene lugar en la franja colonial del mundo griego el acontecimiento más importante de la historia de la medicina occidental: la constitución de ésta, por parte de Hipócrates, como un saber técnico (ars médica) fundado sobre el conocimiento científico de la naturaleza (fisiología). Al parecer, durante su juventud Hipócrates visitó Egipto, donde se familiarizó con los trabajos médicos que la tradición atribuye a Imhotep, ligados a la magia y a lo sagrado. «”El saber griego repliega al hombre, en cierto modo, ante la Naturaleza y ante sí mismo. Y en esta maravillosa retracción, deja que el Universo y las cosas queden ante sus ojos, naciendo éstas de aquél, tales como son”».

Hipócrates recogió en sus escritos la doctrina de los filósofos presocráticos y mantuvo que todas las cosas tienen una Physis o naturaleza propia, universal en su distribución, pero particular para cada ser y en especial para cada hombre. De la presencia de esta Physis surge el estado de armonía o salud, que definió como  un estado de equilibrio mantenido en el organismo sano, merced a la existencia de esta fuerza natural que tiende a restablecerlo automáticamente cuando su alteración no es profunda. Y proseguía diciendo que esta armonía puede ser alterada por la propia obra del hombre a causa de los alimentos, el aire, el agua, los excesos en el ejercicio y en el reposo, los agentes traumáticos, los parásitos y las emociones violentas. En este caso el médico debe acudir en auxilio de esa fuerza curativa, la vis medicatrix naturae, con la función primordial de conocer   su modo de acción para, de esa forma, ayudarla y no interferir en sus mecanismos de curación, procurando que el enfermo contribuya a la acción curativa de su propia Physis. Para ello el medico debía escrutar  técnicamente las complexiones y principios energéticos de los enfermos utilizando los sentidos, razonar con inteligencia sobre los hechos observados, y emplear con destreza los recursos terapéuticos  y así, mediante el dominio del arte, ayudarla a que restablezca su armonía, obrando de un modo semejante a como actúa la naturaleza.

Surgieron así los principios terapéuticos de inducir en el enfermo reacciones de analogía con los síntomas que produce la enfermedad, en  los que se funda la Spagyria (Similia similibus curantur). Junto a esta concepción terapéutica por analogía existe otra de polaridad frente al agente causal del desarreglo humoral: lo cálido ha de curarse con lo frío, lo seco con lo húmedo, fundamento de la alopatía. (Contraria contrariis curantur).

Más o menos en esta época, entre los siglos VI y IV adC, ocurrirá un hecho sin precedentes y de importancia capital para la historia de la medicina tradicional: la aparición de una forma coetánea, y en zonas alejadas entre sí del planeta (que corresponden a el establecimiento de las tres civilizaciones fluviales), de tres personajes cuyas aportaciones filosófico-religiosas, unidas a los métodos de curación particulares de cada región (aunque relacionados entre sí), y a la practica de la alquimia, formaran lo que hoy conocemos como Medicina Tradicional de Occidente, Medicina Tradicional China y Medicina Ayurveda. Estos personajes son: Platón, Siddhartha Gautama, más conocido como Buda, y Lao Tse.

Todas estas tradiciones comparten una mirada al ser humano como un microcosmos del universo (macrocosmos), sujeto a las mismas leyes naturales; distinguen lo que consideran los cuatro fluidos vitales del cuerpo, llamados humores, y los relacionan con elementos de la naturaleza exterior, nombrándolos como  los cinco estados de la materia;  manifiestan la conformación ternaria del ser humano; la  búsqueda de la iluminación; la aplicación de la alquimia a la fabricación de medicamentos; consideran a la enfermedad un trastorno del equilibrio natural a menudo causado por bloqueos en el cuerpo, tanto físicos, energéticos o de conciencia.

La unificación del saber se debe a  Alejandro Magno que en su reinado de trece años, cambió por completo la estructura política y cultural iniciando una época de extraordinario intercambio cultural, en la que los griegos se expandieron por los ámbitos mediterráneo y próximoriental. Los conocimientos médicos de oriente y occidente se amalgamaron en la gran biblioteca de Alejandría, centro del saber de esa época fundada por su sucesor, Ptolomeo I a comienzos del siglo III adC. Este santuario acogía un pequeño zoológico, jardines, una gran sala para reuniones e incluso un laboratorio. Las salas que se dedicaron a la biblioteca acabaron siendo las más importantes de toda la institución, que fue conocida en el mundo intelectual de la Antigüedad al ser única. Durante siglos, los Ptolomeos apoyaron y conservaron la Biblioteca que, desde sus comienzos, mantuvo un ambiente de estudio y de trabajo. Dedicaron grandes sumas a la adquisición de libros, con obras de Grecia, Persia, India, Palestina, África y otras culturas, aunque predominaba la literatura griega y helenística.

La maestría egipcia en la química aplicada, se unió y fundió con la teoría griega y las provenientes del valle del río Indo. Como el arte de la alquimia aparecía tan estrechamente relacionado con la religión, el pueblo llano recelaba a menudo de quienes lo practicaban, considerándolos adeptos de artes secretas y partícipes de un saber peligroso. (El astrólogo con su inquietante conocimiento del futuro, el alquimista con su aterradora habilidad para alterar las sustancias, incluso el sacerdote con sus secretos sobre la propiciación de los dioses y la posibilidad de invocar castigos, servían como modelos de cuentos populares de magos, brujos y hechiceros.)

Este respeto o recelo popular impulsó a los practicantes de la alquimia a redactar sus escritos mediante simbolismos oscuros y misteriosos. El sentimiento de poder y de estar en posesión de un saber oculto aumentaba aún más con esa oscuridad.
Por ejemplo, había siete cuerpos celestes considerados «planetas errantes», (porque continuamente cambiaban de posición con respecto al fondo estrellado) y también eran siete los metales conocidos: oro, plata, cobre, hierro, estaño, plomo y mercurio.  Pareció atractivo emparejarlos, y llegó un momento en que el oro se designaba comúnmente como «el Sol», la plata como «la Luna», el cobre como «Venus» y así sucesivamente. Los cambios químicos pudieron entonces incluirse en una corriente mitológica.

Esta oscuridad más o menos deliberada sirvió a dos desafortunados propósitos. Primero, retardó el progreso, ya que los que trabajaban en esta materia ignoraban en parte lo que los otros estaban haciendo, de modo que no podían beneficiarse de los errores ni aprender de la lucidez de los demás. En segundo lugar, permitió que charlatanes y engañadores se presentaran a sí mismos como trabajadores serios. No podía distinguirse al embaucador del estudioso.

El primer practicante de la alquimia greco-egipcia que conocemos por su nombre fue Bolos de Mendes (aproximadamente 200 a. de C), que se dedicó a lo que se había convertido en uno de los grandes problemas de la alquimia: el cambio de un metal en otro y, particularmente, de plomo o hierro en oro (transmutación).

María la Hebrea (siglo II) vivió en Alejandría y es considerada como la «fundadora de la alquimia» y una gran contribuidora a la ciencia práctica. Entre otros, escribió un tratado alquímico llamado la Chrysopoeia «fabricación del oro», en el que se muestra la inscripción griega εν το παν, hen to pan, «todo es uno», y que aparece mitad blanco, mitad negro, con lo que muestra la dualidad presente en todo.

Zósimo de Panópolis fue un alquimista griego de finales del siglo III, que recopiló las enseñanzas de muchos iniciados anteriores para formar lo que llegó a ser una enciclopedia del arte hermético, el primer tratado escrito de alquimia.

A partir de mediados del siglo III a. C., Roma, que ya dominaba toda la Italia peninsular, inició una larguísima serie de guerras que la llevaron a dominar el mundo mediterráneo.