A partir de mediado del siglo III adC, Roma, que ya dominaba toda la Italia peninsular, inició una larguísima serie de guerras que la llevaron a dominar el mundo mediterráneo, con ello, las tradiciones médicas que se emplearon en Grecia fueron adoptadas por la civilización romana.

Los romanos adoptaron la alquimia y la metafísica griegas, al igual que adoptaron gran parte de su conocimiento y filosofía. Hasta entonces, la medicina romana tenía una larga historia heredada de los etruscos tanto en sus aspectos laicos como religiosos. El legado etrusco se reflejaba en la confianza que tuvieron los romanos, desde un principio, en la adivinación mediante las entrañas de los animales, en el uso de las cartas pronosticas etruscas y en la propiciación de los dioses para que cesaran las epidemias.

En el siglo I ddC Plinio escribió «El pueblo romano estuvo durante más de seiscientos años no sin medicina, sino sin médicos». Por lo general, los romanos despreciaban a los médicos y creían que el cuidado de los enfermos debía tener lugar dentro del ámbito familiar. Su contribución a la medicina moderna fue sin duda la salud pública, dejándonos como logros más importantes: el suministro de agua y el alcantarillado.

A lo largo de los siglos I-II ddC se construyeron muchos acueductos por todo el imperio que canalizaban agua. La purificación se conseguía colocando depósitos y albercas a lo largo del trayecto, quedando separada del resto la destinada a la bebida. Junto al abastecimiento de agua, muchas de las ciudades disponían de un sistema de eliminación de las aguas residuales, con grandes complejos de alcantarillas y tuberías colocadas bajo los edificios y las calles. En algunas viviendas se arrojaban las basuras y orinales directamente a la calle, pero la mayor parte de los caminos, calles y callejones se conservaban limpios; había agua limpia en abundancia y los embalses y aguas estancadas se drenaban con regularidad.  

Solamente el ejército desarrolló un sistema de hospitalización. Inicialmente, los soldados heridos se alojaban en las casas de los ricos. Más tarde se erigieron tiendas de campaña separadas de los barracones. Finalmente se construyeron hospitales (valetudinaria) en todas las guarniciones situadas a lo largo de las fronteras del imperio. Edificados con piedra y madera, estaban cuidadosamente planificados y dotados de instrumental, provisiones y medicamentos. Sin embargo, no surgieron hospitales para civiles en las ciudades hasta el siglo IV ddC.

Estamos en una época donde dos neo-religiones monoteístas competían por sustituir al politeísmo helénico dominante en Roma. Una de ellas llegada de Judea de la mano de los apóstoles de Jesús y otra traída por los soldados romanos que combatían en Asia Menor a las órdenes de Pompeyo.

El culto a Mitra llegó principalmente a dos ámbitos: por un lado al mundo más elitista del imperio, sobre todo por sus concepciones mistéricas, de tipo iniciático basadas en la transmisión oral y ritual de iniciado a iniciado y que giraban en torno a la idea de la existencia del alma y de su capacidad de alcanzar la perfección a través de las siete esferas planetarias.; y por otro a la gran mayoría del ejercito por su concepción machista y totalitaria. La valentía, el honor, la honradez, la templanza, la seguridad en la inmortalidad del alma, fueron los preceptos enseñados por los sacerdotes de Mitra.

El cristianismo se extendió desde Palestina por todo el Imperio Romano. Su propagación fue más fácil en el pueblo por su filosofía basada en el respeto al orden, el ejercicio de la caridad y el amor a Dios

La práctica del mitraísmo, como la de todas las religiones paganas, fue declarada ilegal en el año 391 por el emperador Teodosio.

A partir de finales del siglo II el auge del cristianismo mantenía que la razón y la fe podían ser usadas para entender a Dios, pero que la filosofía experimental era nociva. Las ideas agustinianas eran decididamente antiexperimentales, y entendían al ser humano como pura materia bajo los designios de Dios. Este pensamiento tuvo fuerte arraigo en la sociedad romana y se usó para mostrar a la alquimia como contraria a Dios.  El trabajo médico se limitaba a tener una buena relación con los pacientes, combatiendo las pequeñas dolencias, y tratando las crónicas con sangrías, vomitivos y emplastes (Galenistas).

Aun así, las técnicas experimentales hipocráticas no fueron rechazadas por todos, y los médicos de ascendencia gnóstica pensaban que si el cuerpo, el alma y la mente están en perfecta armonía entre sí, no hay peligro de discordancias perjudiciales, pero si se origina una causa de discordia en uno de estos tres planos, la desarmonía se comunica a los demás. Por ello utilizaban la filosofía experimental transmitida por el hermetismo.

Esta medicina hipocrática más acorde con la teoría mitraica perduro durante los primeros siglos de nuestra era, hasta que el cristianismo ya consolidado, considero que una medicina que pretende competir con los designios divinos en relación a la enfermedad y sobre todo a la muerte es considerada herejía y por lo tanto debe ser eliminada.

El médico más famoso de la época romana fue sin duda Galeno, (se dice que su padre le inclinó hacia los estudios de médico tras soñar una noche con Asclepios, dios de la medicina, que le predijo el destino de su hijo).

Galeno atendió a los gladiadores y luego sirvió al emperador Marco Aurelio. Galeno compiló un texto médico (Methodo medendi, Sobre el arte de la curación) cuya influencia persistió durante 1.500 años.

Puso énfasis en el conocimiento anatómico, su obra contiene una gran cantidad de observaciones notablemente detalladas y precisas sobre el sistema nervioso, por ejemplo. Sin embargo, sólo diseccionó animales y cometió muchos errores básicos que no fueron refutados durante varios siglos. En particular, creía que existían dos sistemas sanguíneos en el cuerpo: la sangre arterial que provenía del corazón y la sangre venosa que provenía del hígado. También pensaba que la sangre pasaba del ventrículo cardíaco derecho al izquierdo a través de los poros del tabique. Su fisiología, por ejemplo, se basa en las ideas aristotélicas de naturaleza, movimiento, causa y finalidad, con el alma como principio vital según las ideas de Platón.

Galeno adoptó con mayor énfasis la teoría de los contrarios, confiando mucho en recetas a base de hierbas que él mismo preparaba, una de ellas, llamada triaca, era un compuesto que en la época de Galeno, contenía más de 70 ingredientes. Más adelante, incluyó más de 100 drogas a su armamentario. A la vez incorporo a su metodología las sangrías con particular entusiasmo. Mientras que Hipócrates sugería tratar la fiebre con inanición (“comer cuando uno está enfermo es alimentar la enfermedad” es un dicho conocido), Galeno indicaba drenar la sangre de las venas para bajar la temperatura del cuerpo. Si la enfermedad era grave, recomendaba realizar la sangría dos veces al día, la segunda vez era necesario dejar que la sangre drenara hasta que el paciente se desmayara.

Otro famoso médico alistado en los ejércitos de Nerón, fue Pedanio Dioscórides, sus viajes con el ejército romano le permitieron recopilar un gran muestrario de hierbas (unas seiscientas) y sustancias medicinales para redactar su magna obra: De materia medica Hylikà, conocido popularmente como «el Dioscórides».

En la Roma del siglo I, la casta médica se organizaba ya en médicos generales (Medici), cirujanos (Medici vulnerum, chirurgi), oculistas, dentistas y los especialistas en enfermedades del oído. No existía una regulación oficial para ser considerado médico, pero a partir de los privilegios concedidos a los médicos por Julio César se estableció un cupo máximo por ciudad.

Podríamos decir que el padre de la medicina académica actual es Galeno con su defensa de la teoría de los contrarios, más que Hipócrates que buscaba la cura en la observación de la naturaleza (Hipocráticos).

Son los Nestorianos con su destierro más allá de Constantinopla en el siglo IV los que llevan esta filosofía medica oculta y perseguida a los países orientales.

El nestorianismo es una doctrina religiosa dentro del cristianismo que considera a Cristo radicalmente separado en dos naturalezas, una humana y una divina, Esto les llevó a enfrentarse con el Obispo Cirilo de Alejandría  que defendía la tesis de la unicidad entre la persona humana y la divina de Cristo, Tanto los nestorianos como los partidarios de Cirilo fueron llamados al concilio de Éfeso en el año 431,  La disputa se centró fundamentalmente en torno al título con el cual debía tratarse a María,  finalmente se adoptó como verdad de doctrina la propuesta por Cirilo, y se le concedió a María el título de Madre de Dios, y los nestorianos, fueron condenados como herejes. El nestorianismo fue desterrado del Imperio romano, y la diáspora nestoriana encontró refugio en el Imperio sasánida (Persia).

En el 410 las tropas del visigodo Alarico saquearon Roma, causando una conmoción general en todo el Imperio. Pero la ilustre historia del Imperio romano de Occidente vivió su último capítulo en el año 476 en Ravena, ciudad que desde hacía unas décadas era la capital del Imperio. El general bárbaro Odoacro se hizo con el gobierno de Italia, tras destituir y desterrar a Rómulo Augusto, el último emperador, tradicionalmente, estos sucesos han sido descritos como los que marcaron el tránsito del imperio romano a la Edad Media.